Está declarado Monumento en el año 1931 y, por tanto, dotado del grado máximo de reconocimiento cultural y protección que establece la legislación de patrimonio cultural.

Este reconocimiento se debe a los siguientes aspectos:

• Excepcional legado artístico: destacando el claustro románico, el legado documental y el conjunto de bienes muebles – esmaltes, orfebrería, etc. – conservados, que le convierte en uno de los monasterios más destacados de toda Europa.

• Importancia histórica de la abadía como centro espiritual y como integrante de la orden benedictina.

• Recuperación de la vida monástica.

• Salvaguarda, promoción y difusión del canto gregoriano, como integrante del patrimonio cultural inmaterial y testimonio destacado de la espiritualidad monástica.

• Promoción del arte contemporáneo con la celebración en la abadía de exposiciones temporales de artistas actuales.

El paisaje que rodea el monasterio de Santo Domingo de Silos es de sierra, la situada entre el río Arlanza, al norte, y al sur y más alejado, el valle del Duero. Concretamente se ubica en la zona oriental del pequeño valle de Tabladillo.

En estas tierras burgalesas se localizan los sabinares más extensos y mejor conservados de todo el planeta, pudiendo llegar a superar algunas de las sabinas los dos mil años de vida. La fauna de la zona incluye buitres leonados, lobos, corzos, jabalíes, nutrias, gatos monteses, halcones peregrinos, águilas reales, perdices pardillas, así como diversas aves acuáticas.

El monasterio se encuentra integrado en la localidad homónima, que cuenta con unos 300 habitantes.

En su entorno es visita obligada la localidad de Covarrubias, el monasterio de San Pedro de Arlanza y el desfiladero de la Yecla.

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Esta constante amenaza, provocó una decadencia espiritual y material del monasterio, y del valle en general. En estos momentos de declive del monasterio, llegó, avalado por Fernando I de Castilla, un monje procedente de San Millán de la Cogolla, llamado Domingo, que se estableció en Silos en 1041. Durante sus años como abad de Silos, contagió a la comunidad su espíritu restaurador e hizo revivir al monasterio y a la comunidad. Murió en 1073 y fue enterrado en el claustro, pero ya en 1076 fue canonizado y entonces se trasladaron sus restos a la iglesia donde se le dedicó un altar, convirtiéndose su tumba en un gran centro de peregrinación.

La llegada de peregrinos a la tumba de Santo Domingo cada vez era más numerosa, y ello provocó que se tuviera que reformar el monasterio y se modificara el plano del templo, consagrando el nuevo en 1088, construido bajo la moda románica. A partir de este momento, se verá beneficiado de numerosas donaciones de la nobleza y la monarquía que aumentaron considerablemente su poder económico y jurídico. La intervención de Alfonso VIII y su mujer Doña Urraca, propiciaron que se pudiera seguir levantando el claustro.

En el siglo XI la poderosa familia Finojosa tomó protagonismo y se vinculó al monasterio, hasta mediados del siglo XII.

Desde el último tercio del siglo XII, se produjo en Silos un período de renovación que hoy se puede rastrear en todo el conjunto monumental. En estos momentos se terminó el claustro bajo y varias de las dependencias anexas, además se amplió la iglesia hacia el oeste y se construyó el pórtico norte. La última gran intervención en el claustro, se hizo en los inicios del siglo XIII, cuando se terminó el sobreclaustro.

Desde este momento, y a lo largo de la Edad Media, sólo se llevaron a cabo intervenciones puntuales ya que la obra principal estaba ya concluida. En 1384 se produjo un gran incendio que afectó a parte considerable del conjunto monástico, que tuvo que ser reconstruido.

A comienzos del siglo XVI, fray Francisco González de Curiel (1503-1507), que se caracterizó por ser uno de los últimos abades independientes, mandó intervenir en la sala capitular románica y la convirtió en una capilla gótica, con la advocación de Santa Cruz, siendo desde entonces lugar destinado a la sepultura de abades. Es de planta poligonal y se respetaron las dimensiones de la románica, así como los arcos de entrada, pero se recreció en altura para abovedarla y ello afectó al dormitorio ubicado sobre ella.

Del mismo siglo, el XVI, concretamente de mediados de la centuria, es la capilla de los Santos Reyes, que mandó construir la familia de los Castros y Otáñez. Estaba ubicada en el primer tramo de la nave del evangelio de la iglesia alta y la cerraba una media naranja de yeso y ladrillo.

Antes de finalizar el siglo XVI se planteó la sustitución del claustro, despreciándose la obra románica, tal y como se había ya hecho en otros monasterios, pero, por suerte, sólo se intervino en la iglesia, donde se realizaron varias reformas, como la perforación del transepto meridional para facilitar el acceso a la nueva sacristía, en 1598; o la restauración de la fachada occidental en 1604, donde se colocaron entre 1709 y 1713, las estatuas del benefactor Alfonso VI, y del presunto fundador, Recaredo. Otra obra se realizó en 1712, y se perdió la primitiva escultura de la fachada exterior del pórtico septentrional.

En 1732 se decidió trasladar la sepultura del santo desde el templo a una capilla instalada sobre la antigua sala capitular, para lo que se desmontó la cubierta tardogótica.  En 1751, tras obtener el permiso de la Congregación vallisoletana, se derribó la iglesia románica original, que se encontraba en muy mal estado. El proyecto del nuevo templo fue realizado por Ventura Rodríguez, mientras que las obras las dirigió Antonio Machuca, ayudado por el monje arquitecto fray Simón Lexalde. Las obras fueron muy lentas y finalmente se pudo consagrar el templo en diciembre de 1793.

La Desamortización no afectó demasiado al monasterio, porque tras 1835, permaneció en él el abad Rodrigo Echevarría, hasta 1857. En estos años salvaguardó los bienes del monasterio, salvando así la farmacia, el tesoro de la sacristía, la biblioteca y los manuscritos.

En 1865 el techo de la biblioteca amenazaba ruina, por lo que se trasladaron parte de su fondos a la capital, y en 1870 se trasladaron también diversos objetos artísticos, como las arquetas, cajas y relicarios, que se guardaron en el Museo Provincial. En 1875 se subastaron en Madrid diversas piezas manuscritas.

En 1880 el obispo de Burgos cedió el monasterio a los franceses de Solesmes y un decreto de Alfonso XII autorizaba el nuevo establecimiento. En diciembre de 1880 llegaron los primeros monjes desde el monasterio francés de Saint-Martin de Liguge y desde entonces su labor fue la restauración del monasterio y la recopilación de los manuscritos que se habían desperdigado al ser vendidos en numerosas subastas.

El templo románico destruido en el siglo XVIII, se conoce por una descripción que hizo de él Gerónimo Nebreda (1572-1578), y un documento conocido como Memoriae Silenses; es una crónica monástica escrita por diferentes abades en la que se relatan los hechos acaecidos entre los años centrales del siglo XVIII y mediados del XIX. Los datos obtenidos de estos manuscritos, se completaron con los hallazgos descubiertos durante las obras realizadas en el templo, en época contemporánea, en las que se documentaron los tres ábsides románicos junto a monedas de Alfonso, que atestiguan su consagración en 1088. Hoy los restos pueden verse en un sótano que se ha hecho accesible en la última reforma.

Más datos sobre el templo románico son los que reunió el que fue abad de Silos entre 1753 y 1757, Domingo Ibarreta. Recopiló información procedente de varios documentos de los principales archivos monásticos y catedralicios, y consiguió elaborar un croquis de cómo sería el templo románico derribado.

Un segundo plano del templo fue el que realizó el padre Echevarría, último abad de Silos y también obispo de Segovia. Debió basarse probablemente en los planos hechos por Ventura Rodríguez, antes de derribar la iglesia.

El Sepulcro del Santo es de piedra y se sitúa en el altar mayor de la iglesia. En la panda norte del claustro se puede ver la lauda que cubrió el primitivo sepulcro, del siglo XIII, asentada sobre tres leones esquemáticos. Conserva la escultura yacente del santo con báculo y el libro en sus manos.

También en el claustro podemos ver una escultura de gran tamaño de la Vírgen de Marzo, de actitud hierática y frontal, que sostiene la figura de Jesús sobre su rodilla izquierda, que gira su cuerpo hacia el lado contrario, detalle que anuncia el gótico. Por su tamaño, podría provenir quizás del tímpano de una puerta del siglo XIII.

Además, el canto del gregoriano, atrae a numerosos turistas que acuden a las diferentes celebraciones litúrgicas para oír a los monjes benedictinos cantar. El Gregoriano es una forma de orar cantando, por ello la actitud del cantante es muy importante así como la quietud del cuerpo, sin expresiones, movimientos o mímica. La ausencia de director es un reto para los monjes que deben ejercer un autocontrol sobre sus voces, para que resulten armoniosas y homogéneas. Deben conocer la lengua latina, para así poder interpretar los cantos y que las oraciones resulten creíbles. Estas características tan particulares de este canto, hacen muy atractiva su escucha en el monasterio.