As comunidades monásticas dispunham de conhecimentos para tratar as doenças dos próprios monges e das populações próximas ou em trânsito. Esta situação levou ao aparecimento de pequenos centros de cuidados hospitalares e de outros centros especializados em certas doenças, como a lepra. No mosteiro de Santo Domingo de Silos podemos visitar e admirar uma interessante botica do início do século XVIII que, embora não esteja no seu local original, foi fielmente reconstruída e montada com peças históricas.
A recuperação de grande parte da antiga botica deve-se a Juan de Aguirre y Achútegui, que a comprou a Octavio Castrillo em 1927 e a ofereceu à Abadia quando estava prestes a ser vendida e transferida para o estrangeiro. O próprio mosteiro recuperou várias prateleiras, frascos e gavetas entre 1957 e 1967.
A botica era composta por uma biblioteca especializada, um jardim botânico para o cultivo de plantas medicinais, um laboratório bioquímico e um armazém para guardar as plantas ou os medicamentos produzidos.
A biblioteca tem mais de 400 volumes, o mais antigo do século XVI e a maior parte dos séculos XVIII e XIX. Entre eles, encontra-se um exemplar de 1525 da grande obra de farmacologia de Dioscórides (médico, farmacologista e botânico) da Grécia romana do século I d.C., cuja obra foi uma referência durante muitos séculos, tendo sido feitas várias cópias e versões na Idade Média e, mais tarde, até ao século XVIII, em diferentes línguas. A biblioteca foi recuperada em 1918 graças a um monge da comunidade de Silos, o Padre Daniel Palomero, parente do último boticário de Silos, Francisco Palomero.
A cerâmica é constituída por quatrocentos exemplares de albarelos e potes de porcelana, fabricados em Talavera de la Reina expressamente para o mosteiro e decorados com o seu escudo. São guardados em prateleiras e cómodas apropriadas do século XVIII. Na zona do laboratório, foi reproduzida uma chaminé e conservados um alambique e vários instrumentos para o tratamento de substâncias farmacológicas.