Santo Domingo de Silos, como todos os mosteiros, tinha uma biblioteca, um gabinete e um arquivo. A biblioteca reunia livros próprios e emprestados, necessários para a oração coletiva da comunidade e para a formação contínua dos monges, sobretudo dos mais jovens, através da leitura de textos sagrados e tratados teológicos.
O arquivo continha documentos, escritos e certidões relevantes para a garantia dos direitos jurisdicionais da abadia, testemunhar as suas relações com outras entidades, registar as necessidades e os acontecimentos da sua vida quotidiana.
O gabinete necessitava de pessoas especializadas na escrita e na ilustração e só as abadias mais importantes se destacavam na produção das suas próprias produções ou na cópia de manuscritos emprestados. Este trabalho de cópia de originais de outro mosteiro gémeo foi uma prática comum durante toda a Idade Média.
O scriptorium de Silos foi um importante centro de cópias e produtor de numerosos manuscritos ao longo dos séculos X e XI, passando por diferentes fases que refletem a sua situação económica. No final do século X e início do século XI, foi criado em Silos um gabinete de cópia de livros. Nesta época, existia um importante gabinete no vizinho mosteiro de Valeránica, em Tordomar (Burgos), conhecido pela extraordinária qualidade dos seus códices nas mãos do monge Florencio; a sua influência pode ser vista na obra do monge Juan de Silos, autor em 945 do importante livro para a comunidade que contém a Regra de São Bento comentada pelo monge abade Esmaragdo dos séculos VIII-X.
O trabalho do scriptorium de Silos durante a primeira metade do século XI foi muito escasso e de má qualidade, devido à situação de instabilidade e dificuldades económicas. Só a partir da nomeação de Domingo como abade, em 1040, é que se iniciou a recuperação da comunidade de Silos; as suas relações com o mosteiro de San Millán de la Cogolla permitiram o empréstimo de livros para a sua cópia.
A sua obra foi continuada pelo abade Fortunius, período em que foi adotada a reforma litúrgica romana estabelecida pelo Papa Gregório VII, que implicava uma unificação dos rituais religiosos, a renovação espiritual e a organização das estruturas eclesiásticas. Estas mudanças refletem-se no tipo de sistema de escrita, que passa da escrita visigótico-moçárabe para a escrita carolíngia, que unifica o alfabeto latino para que possa ser reconhecido em diferentes locais. Por esta razão, existiram livros litúrgicos nestas duas escritas diferentes nas coleções da biblioteca de Silos. O sriptorium de Silos foi muito ativo no último quarto do século XI e no início do século XII. As obras mais importantes de Silos datam desses anos: o Antifonário e o Comentário do Apocalipse de Beato de Liébana (ambos conservados na Biblioteca Britânica).
O códice que contém o Beato de Liébana é um dos mais belamente iluminados e mais bem conservados, com 560 páginas e 106 miniaturas. Está escrito em letra visigótica e o seu estilo corresponde a características moçárabes com componentes românicas. A sua execução durou mais de duas décadas: o texto foi realizado pelos monges Domingos e Nuño na época do abade Fortunio e foi terminado por volta de 1091; as ilustrações foram realizadas mais tarde pelo prior Pedro, na época do abade Juan, e foram concluídas em 1109. Além dos comentários ao Apocalipse de São João escritos por Beato de Liébana no século VIII, este códice contém os comentários de São Jerónimo ao livro do Profeta Daniel, textos com anotações musicais e outras escrituras menores. As miniaturas constituem todo um catálogo de composições e soluções estéticas, com ilustrações de página dupla, página inteira ou com figuras individualizadas, com diferentes tipos de fundos (branco, riscas coloridas). Todas elas são obras-primas, incluindo, entre outras: a visão singular do inferno; um mapa-múndi; a incumbência dada a S. João de escrever o Apocalipse; a representação dos Sete Selos, cada um deles símbolo de 1000 anos, que serão julgados no fim dos tempos; a luta da serpente contra o filho da mulher, que representa a luta e a derrota pela mulher e pelos anjos deste dragão de sete cabeças. Este códice teve uma vida aleatória e itinerante. Saiu de Silos no século XIV e, depois de passar por várias bibliotecas religiosas, foi para a Biblioteca Nacional, de onde foi levado por José Bonaparte e vendido ao Museu Britânico.
As glosas de Silos são um conjunto de anotações, explicações ou comentários escritos nas margens de mais de vinte manuscritos do mosteiro de Silos. Estes esclarecimentos eram utilizados pelo Abade quando explicava a doutrina aos monges e pelos próprios monges, especialmente os jovens noviços, nas suas leituras e orações privadas. Estão presentes nos livros espirituais que foram utilizados neste trabalho de formação. A inclusão destas glosas era uma tarefa laboriosa; geralmente já estavam escritas nos manuscritos que eram copiados nos gabinetes e, em menos casos, eram incorporadas diretamente pelo copista. Nos manuscritos da escrita visigótica de Silos existem mais de seis mil glosas, que na época eram de grande utilidade para os monges e que hoje constituem importantes testemunhos para o estudo da cultura medieval, do latim da época e das origens do espanhol. Estas glosas são escritas em latim, para esclarecer outros termos latinos e em romano palladiano ou língua de romance de vernáculo. Estão escritos em três manuscritos de Silos, o mais proeminente dos quais é uma Homilia e Penitencial do final do século XI (atualmente na Biblioteca Britânica). Trata-se de um livro destinado principalmente aos leigos, mas que era utilizado pelos monges nos seus sermões, pelo que necessitavam destas ajudas para transmitir as suas mensagens de forma compreensível. Este manuscrito é uma cópia de um outro existente em San Millán de la Cogolla, pelo que as glosas também são as mesmas; o que nos fala de semelhanças nas expressões orais num território relativamente grande.
