Les communautés monastiques disposaient des connaissances nécessaires pour traiter les maladies des moines et des populations voisines ou de passage. C’est ainsi que sont apparus de petits centres de soins hospitaliers et d’autres centres spécialisés dans le traitement de certaines maladies, comme la lèpre. À l’abbaye Saint-Dominique de Silos, il est actuellement possible de visiter et d’admirer une intéressante apothicairerie du début du XVIIIe siècle qui, bien qu’elle ne se trouve pas à son emplacement d’origine, a été fidèlement reconstruite et assemblée avec des pièces historiques.
La récupération d’une grande partie de l’ancienne apothicairerie est due à Juan de Aguirre y Achútegui, qui l’a achetée à Octavio Castrillo en 1927 et l’a offerte à l’abbaye alors qu’elle était sur le point d’être vendue et transférée à l’étranger. Le monastère a pour sa part récupéré plusieurs étagères, jarres et tiroirs entre 1957 et 1967.
L’apothicairerie se composait d’une bibliothèque spécialisée, d’un jardin botanique pour la culture des plantes médicinales, d’un laboratoire biochimique et d’une réserve pour le stockage des plantes ou des médicaments produits.
La bibliothèque compte plus de 400 volumes, les plus anciens datant du XVIe siècle et la plupart des XVIIIe et XIXe siècles. Parmi eux, mentionnons un exemplaire de 1525 du grand ouvrage de pharmacologie de Dioscoride, médecin, pharmacologue et botaniste originaire de la Grèce romaine du Ier siècle après J.-C., dont l’œuvre a servi de référence pendant de nombreux siècles. Plusieurs copies et versions ont été réalisées dans différentes langues au Moyen-Âge et plus tard jusqu’au XVIIIe siècle. La bibliothèque a été retrouvée en 1918 grâce à un moine de la communauté de Silos, le père Daniel Palomero, parent du dernier apothicaire de l’abbaye, Francisco Palomero.
Le matériel d’apothicaire comprend quatre cents exemplaires d’albarelles et de pots en terre cuite, fabriqués à Talavera de la Reina expressément pour le monastère et décorés des armoiries du monastère. Il est rangé sur des étagères et des commodes du XVIIIe siècle. Dans l’espace laboratoire, une cheminée a été reproduite et un alambic ainsi que divers instruments pour le traitement des substances pharmacologiques ont été conservés.