El claustro bajo del monasterio está cubierto con un techo de madera plana que se denomina alfarje con su estructura a la vista. Está formada por una sucesión de vigas maestras o jácenas, que apoyan en el muro interno y en la panda exterior del claustro, y vigas transversales o jaldetas, de menor escuadría, entre las que se colocan tablazones de madera. Toda la estructura en Silos está pintada y algunas partes están también labradas con motivos geométricos (cara inferior de las vigas y tablazón). Las escenas pintadas que recubren las vigas principales, las tabicas (tablas situadas entre los huecos que dejan las vías al entrecruzarse), las tablazones que hay por encima de ellas y los de unión con los muros constituyen todo un catálogo de más de seiscientas representaciones de temas religiosos y profanos, predominando estos últimos con escenas de la vida cotidiana, temas caballerescos y temas amorosos. Se ha considerado que la fuente para la realización de estas escenas posiblemente sea el Libro de Buen Amor o Libro de los Cantares del Arcipreste de Hita -escrito h. 1330-1343-, que contiene una amplia colección de narraciones y composiciones poéticas: fábulas, ejemplos y moralejas, alegorías, cantares, cantigas de ciegos, poemas líricos profanos y religiosos.

En las tablas situadas entre las jaldetas o vigas transversales se pintan repetitivamente los escudos de los benefactores del monasterio en este momento: el rey castellano Juan I (león sobre fondo blanco, castillo en fondo rojo), el obispo de Burgos don Gonzalo Mena y Roelas (cinco estrellas de oro en campo azul de los Menas y ocho roeles de plata sobre campo rojo del segundo linaje) y otro blasón integrado por un árbol rodeado con una orla con flores de lis.

Las escenas y motivos iconográficos se representan en las caras de las vigas principales y en los aliceres –tablazón colocado junto a los muros-. Están encuadradas en arcos mixtilíneos, formados por una orla adornada con óvalos blancos con perlas rojas. Los motivos vegetales completas los laterales de las escenas y rosetas talladas las tabicas.

Algunas de las representaciones están realizadas para contemplarse de forma individualizadas, pero otras forman una escena continuada en las diferentes viñetas cobijadas por los arcos mixtilíneos a lo largo de una viga. Dos ejemplos destacados son la representación de la Adoración de los Reyes Magos y la representación de la parodia de las Horas Canónicos del Libro de Buen Amor, escenas del lobo y el asno, con un carácter crítico y finalidad moralizante. A las representaciones religiosas como los Gozos de Santa María, hay que sumar la representación de trotaconventos, jóvenes en actitudes amorosas, monjes y monjas de distintas órdenes, músicos con diversos instrumentos, caballeros y cazadores, arpías, oficios, como la hilandera, guerreros con espadas a caballo o a pie con ballesta, representaciones de tauromaquia con enfrentamientos frente a un toro a pie o a caballo.

A pesar de la aparente unidad del alfarje su ejecución se hizo en varias etapas y por varios artistas. Las partes más antiguas están catalogadas entre 1366 y 1384 y se localizan en las galerías norte y occidental del claustro; su decoración figurativa es minuciosa y bien proporcionada. En el año 1384 el monasterio sufrió un incendio y se tuvo que reconstruir parte del alfarje, a ese momento corresponde la galería sur con diferencias en la forma de representar árboles, animales, escudos de armas familiares y otros detalles decorativos. Toda la galería oriental y parte de la galería norte se rehízo entre los años 1888 y 1890, cuando los monjes franceses desmontaron todo el alfarje para atirantar las paredes del claustro y evitar su desplome y ruina; todos los extremos de las vigas llevan introducida una pletina en forma de T sujeta con tres tornillos, y la cabeza de la pletina va introducida en ambas paredes, actuando así de tirantes. También se han incrustado diversas tablas pintadas a finales del siglo XV, que pudieron estar en la sala capitular, en algunos remates de la galería norte.