Santo Domingo de Silos, como todos los monasterios, dispuso de una biblioteca, un escritorio y un archivo. La biblioteca reunía libros propios y prestados, necesarios para la oración colectiva de la comunidad y para la continua formación de los monjes, especialmente de los más jóvenes, a partir de la lectura de textos sagrados y tratados teológicos.

El archivo custodiaba documentos, escritos y certificados relevantes para garantizar los derechos jurisdiccionales de la abadía, testificar sus relaciones con otras entidades, registrar las necesidades y los acontecimientos de su vida diaria.

El escritorio requería de personas hábiles en la escritura y en la elaboración de ilustraciones y únicamente las abadías más importantes destacaron en la elaboración de producciones propias o en las copias de manuscritos prestados. Este trabajo de copia a partir de originales de otro monasterio hermanado fue una práctica habitual a lo largo de la Edad Media.

El scriptorium de Silos fue un importante centro copista y productor de numerosos manuscritos a lo largo del siglo X y XI, pasando por diferentes etapas que reflejan su situación económica. A finales del siglo X y principios del XI se pone en marcha en Silos un taller de copia de libros. En este momento existía un importante escritorio en el cercano monasterio de Valeránica, en Tordomar, (Burgos), que destaca por la extraordinaria calidad de sus códices de manos del monje Florencio; su influencia se percibe en la labor del monje Juan de Silos, autor en el año 945, del importante libro para la comunidad conteniendo la Regla de San Benito comentada por el monje-abad del siglo VIII-IX Esmaragdo.

La labor del scriptorium de Silos a lo largo de la primera mitad del siglo XI fue muy escasa y de poca calidad, por la situación de inestabilidad y penuria económica. Hay que esperar a la designación de Domingo como Abad en el año 1040 para que se inicie la recuperación de la comunidad Silense; su relación con el monasterio de San Millán de la Cogolla permitirá el préstamo de libros para su copia.

Su labor se prosigue por el Abad Fortunio, época en la que se adopta la reforma litúrgica romana establecida por el papa Gregorio VII, que supuso una unificación de los rituales religiosos, la renovación espiritual y la organización de las estructuras eclesiásticas. Estos cambios se reflejan en el tipo de sistema de escritura, que pasa de la escritura visigótica-mozárabe a la escritura carolina que unifica el alfabeto latino para que pueda ser reconocido en diferentes lugares. Por este motivo existieron en los fondos de la biblioteca de Silos libros litúrgicos en estas dos diferentes escrituras. El sriptorium de Silos tiene una intensa actividad en el último cuarto del siglo XI y principios del siglo XII. De estos años son las obras cumbre de Silos: el Antifonario y el Comentario del Apocalipsis del Beato de Liébana – ambos custodiados en la Biblioteca Británica –.

El códice que contiene el Beato de Liébana es uno de los más bellamente iluminados y mejor conservados, con 560 páginas y 106 miniaturas. Está escrito en letra visigótica y su estilo responde a las características mozárabes con componentes románicos. Su ejecución duró más de dos décadas: el texto se realiza por los monjes Domingo y Nuño en época del Abad Fortunio concluyéndose hacia el 1091; las ilustraciones se realizan posteriormente por el Prior Pedro en tiempos del Abad Juan, terminándose en el 1109. Este códice además de los comentarios al Apocalipsis de San Juan que escribió el Beato de Liébana en el siglo VIII, contiene los comentarios de San Jerónimo al libro del profeta Daniel, textos con anotaciones musicales y otros escritos menores. Las miniaturas constituyen todo un catálogo de composiciones y soluciones estéticas, con ilustraciones a doble página, a página entera o con figuras individualizadas, con diferentes tipos de fondos – blanco, bandas de color -. Todas ellas son obras maestras, destacando, entre otras: la singular visión del infierno; un mapamundi; el encargo a San Juan para escribir el Apocalipsis; la representación de los Siete Sellos, símbolo cada uno de 1000 años, que se juzgarán al final de los tiempos; la lucha de la serpiente contra el hijo de la mujer, que representa la lucha y derrota por la mujer y los ángeles de este dragón de siete cabezas. Este códice ha tenido una vida azarosa y viajera, salió de Silos en el siglo XIV y después de pasar por varias bibliotecas religiosas pasará a la Biblioteca Nacional de donde lo sustrae José Bonaparte para venderlo al British Museum.

Las glosas silenses son un conjunto de anotaciones, explicaciones o comentarios que se escriben en los márgenes de más de veinte manuscritos procedentes del monasterio de Silos. Estas aclaraciones las usaba el Abad cuando explicaba la doctrina a los monjes y los propios monjes, especialmente los jóvenes novicios, en su lectura y rezos privados. Están contenidas es los libros espirituales que eran los usados en esta labor de formación. La inclusión de estas glosas era un trabajo laborioso, normalmente ya estaban escritas en los manuscritos que se copiaban en los escritorios y, en menos casos, se incorporaban directamente por el copista. En los manuscritos de escritura visigótica de Silos existen más de seis mil glosas, que en su momento fueron de gran utilidad para los monjes y en la actualidad constituyen testimonios importantes para estudiar la cultura medieval, el latín de ese momento y los orígenes del español. Estas glosas están escritas en latín, para aclarar otros términos latinos, y en román paladino o lengua romance vernácula. Están escritas en tres manuscritos de Silos, el más destacado es un Homiliario y Penitencial de finales del siglo XI – actualmente en la Biblioteca Británica -. Es un libro dirigido fundamentalmente a los laicos pero que eran utilizados por los monjes en sus sermones por lo que necesitaban estas están ayudas para transmitir sus mensajes de manera comprensible. Este manuscrito es copia de otro existente en San Millán de la Cogolla, por los que las glosas son también las mismas; lo que nos habla de similitudes de las expresiones orales en un territorio relativamente extenso.