La exploración y frecuentación de las cavidades burgalesas no es sólo cosa de nuestros días, puesto que se conocen evidencias de ocupación humana en la zona desde fases muy antiguas de la prehistoria, concretamente desde el Paleolítico Medio.

Durante el Paleolítico Superior las áreas con hallazgos se multiplican pero, además, de este periodo nos ha llegado un documento arqueológico único. Nos encontramos en la llamada Sala de las Pinturas con un numeroso conjunto de representaciones pintadas en lo que seguramente sería un santuario paleolítico. Se dibujan en las paredes ciervos, bóvidos, cabras, caballos y una excepcional, por su rareza, silueta de elefante.

Junto a los animales hay numerosos signos geométricos, como triángulos -posibles vulvas femeninas- y varias figuras humanas muy esquemáticas. La abundancia de signos geométricos y de representaciones humanas junto a los animales pintados es tan atípica que ha hecho dudar a los investigadores sobre el carácter paleolítico de la sala. No obstante, las características técnicas de las figuras de animales coinciden plenamente con las de las pinturas paleolíticas del foco de la cornisa cantábrica, y, por si fuera poco, en unos recientes análisis de los carbones de la teas que usaron para iluminarse mientras pintaban se han obtenido fechas de 13.000 años.

De impresionante podemos calificar el descubrimiento de los rastros de pies desnudos que un grupo de diez personas dejaron en el barro fresco. Una visita esporádica a una de las galerías a la que se ha bautizado , gracias precisamente a estos hallazgos, como Sala de las Huellas. La exploración de la cavidad no pasó de los 300 metros, según el rastro de ida y vuelta que se distingue. Un reciente estudio determina que las pisadas al menos tienen entre 4.200 y 4.600 años de antigüedad. Las huellas fueron descubiertas por miembros del Grupo Espeleológico Edelweiss que, conscientes inmediatamente de su importancia , procedieron a su delimitación, preservándolas así de futuras exploraciones.

Pero no es esta la única evidencia en las cavidades de la prehistoria reciente y, aunque se generaliza el poblamiento al aire libre en el transcurso del Calcolítico y la Edad del Bronce (2500-750 a.C.), las cuevas de Ojo Guareña se emplean como lugar de habitación.

De estos periodos de la prehistoria nos interesa destacar el uso de las cavidades como santuarios, al igual que sucedía en el paleolítico. En una pequeña oquedad denominada Sala de la Fuente se halla uno de los lugares rupestres más sugerente de la prehistoria.

El espacio está lleno de trazos grabados en el barro creando motivos y composiciones geométricas, en una composición tan abigarrada que recubre prácticamente todo el techo y buena parte de las paredes. Entre los dibujos se advierten algunas figuras de animales y humanas, estas últimas interpretadas como ídolos y chamanes que dirigen las ceremonias religiosas. El santuario parece que se frecuenta en diversas épocas , con una diferencia cronológica de más de 1.000 años. Para todas ellas se reivindica su uso como lugar de culto y de celebración de ceremonias de los pequeños grupos humanos que posiblemente ya habitaban al aire libre.

Igualmente interesante es el santuario de la cueva de Kaite II, contemporánea de la descrita anteriormente pues algunas de las figuras de animales coinciden en sus rasgos artísticos. No obstante, en este lugar predominan las figuras de animales en las que se prolongan las patas y el cuello, lo que les confiere una gran belleza plástica que nos sugieren algunas tendencias de arte contemporáneo. Hay en Kaite II escenas en las que se reconocen animales de gran tamaño, como ciervas o cabras, que en su interior tiene otras de su especie dibujadas más pequeñas. ¿posibles escenas de madres e hijos? La asociación de unidades familiares sirve de argumento para sugerir que este posible santuario estaría dedicado a propiciar la fecundidad de las especies de las que se alimentaban los hombres que vivían en los alrededores.

Existen otros muchos vestigios arqueológicos de cronología más reciente. Mencionaremos que se han descubierto los restos de un hombre sobre el suelo de la cueva que al parecer se adentró en Cueva Palomera y se perdió. Estaba equipado con un imperdible de bronce para sujetarse la ropa y un broche de cinturón cuyos tipos se identifican con los materiales correspondientes a los inicios de la Edad del Hierro, concretamente del siglo VI a.C. Igualmente resulta curiosa la ocupación de la cueva en época tardo romana, cuando ya se había consolidado desde hacia centenares de años el hábitat al exterior. Los arqueólogos explican sobre este uso de las cuevas en época romana que las cavidades servirían de refugio en ese momento de inestabilidad que coincide con las invasiones bárbaras.

Siglos más tarde se reitera una vez más la función de la cueva como lugar de culto y se edifica junto a una de las entradas de la cueva una ermita semirrupestre de la que se conserva una bóveda de cañón de estilo románico. La pequeña iglesia dedicada a San Bernabé y San Tirso, que mantiene gran devoción en la comarca, se modifica sustancialmente en los siglos XVIII y XIX. Se decora entonces con unas interesantísimas pinturas de arte popular que cubren el techo y las paredes y que narran los milagros de estos santos.

La mayor parte de los lugares mencionados no admiten su visita pública, entre otras razones porque se localizan en lugares de muy difícil acceso. A esto se añade que la visita masiva podría suponer el deterioro tanto de las manifestaciones artísticas como de los restos arqueológicos asociados.

Con el fin de dar a conocer las manifestaciones arqueológicas e históricas del complejo cárstico de Ojo Guareña se ha habilitado un pequeño recorrido por el interior de la cavidad de San Bernabé en el que se pueden ver algunos silos de almacenamiento de alimentos y sobre ellos multitud de trazos grabados: retículas, zig-zag, círculos, etc. También se dispone de un audiovisual en el que se recrean cada uno de los hechos y lugares aludidos en el texto. El itinerario guiado finaliza en la ermita de San Bernabé , en la que podemos admirar las admirables pinturas populares de la ermita del siglo XVIII.

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